Manuel Varela ezaguna da herrialdeko ekintzailetza-proiektu berritzaileenetako batzuen finantziazio publikorako ekintzak gidatzeagatik, bai 2013 – 2106 urteetan zuzendu zuen Axencia Galega de Innovaciónetik (GAIN) eta bai SERGASetik –bertan, Osasun Publikoaren Berrikuntza eta Kudeaketa Zuzendari Nagusi gisa aritu zen-. GAINek 60 M € inguruko aurrekontua du urtean, eta 120 langile baino gehiago; zuzendaria Ekonomia eta Industria Kontseilariaren mende dago zuzenean. Postu horretan, Galiziako Espezializazio Adimenduneko Estrategia lantzeaz eta abiatzeaz arduratu zen (RIS3), eta baita ekintzailetza eta Erosketa Publiko Berritzailearen alorreko ekimen aurrendariez ere (horien artean, CIVIL UAVs Iniciative azpimarratu behar da, 40 M €-tik gorako aurrekontua izan baitzuen).
SERGASen 60 M €-tik gorako aurrekontua koordinatu zuen urtean, eta ia 1000 pertsonaz osatutako giza talde bat. Aldi horretako lorpen nagusien artean, azpimarratzekoa da 63 milioi euro eskuratu zirela europar finantziaziotik –ZNak kudeatutako aurrekontuaz gain- Hospital 2050 eta Innova-Saúde izeneko berrikuntza-proiektuetarako; halaber, azpimarratzekoa da Galiziako Osasun Zerbitzuaren (34.000 profesional baino gehiago) Berrikuntza Sanitarioko Plataforma abiatu zuela, berrikuntza kudeatzeko sistema gisa.