Manuel Varela es conocido por haber liderado algunas de las acciones de financiación pública de proyectos emprendedores más innovadoras del país, tanto desde la Axencia Galega de Innovación (GAIN), de la que fue director durante los años 2013 – 2016 como desde el SERGAS donde ejerció como Director General de Innovación y Gestión de la Salud Pública. GAIN cuenta con un presupuesto aproximado de 60 M€/año y una plantilla de más de 120 personas y el director depende directamente del Consejero de Economía e Industria. En este puesto, se encargó de la elaboración y puesta en marcha de la Estrategia de Especialización Inteligente de Galicia (RIS3) y de iniciativas pioneras en cuanto a emprendimiento y Compra Pública Innovadora (destacando la CIVIL UAVs Iniciative con más de 45 M€ de presupuesto).
En el SERGAS coordinó un presupuesto de más de 60 M€/año y un equipo humano de cerca de 1000 personas. Entre los principales logros en ese periodo, cabe destacar la captación de 63 Millones de euros de financiación europea -adicional al presupuesto gestionado en la DG- para los proyectos de innovación Hospital 2050 e Innova-Saúde, la puesta en marcha de la Plataforma de Innovación Sanitaria, como sistema de gestión de la innovación, del Servicio Gallego de Salud (más de 34.000 profesionales).